[2]Desde chico se interesó por el fútbol como deporte, sus grandes referentes eran Miguel Marín y Amadeo Carrizo.
También se ha llegado a decir que es el mejor jugador de la historia del equipo.
Comenzó a dirigir las divisiones inferiores del Club Atlético Vélez Sarsfield.
Fue allí donde debutó como director técnico interino del equipo de primera división en la primera fecha del Apertura 1997, vs Racing en Avellaneda (1 a 1) en reemplazo de Osvaldo Piazza y mientras se logró concretar el contrato con Marcelo Bielsa.
En este equipo logró la clasificación para disputar la Copa Libertadores 2005, llegando hasta los cuartos de final, instancia en la que cayó ante River Plate.
El primer semestre fue bastante aceptable, ya que con jugadores como Sergio Agüero, Nicolás Frutos y Oscar Ustari, el equipo alcanzó la cuarta colocación en la tabla de posiciones.
Con la partida de Frutos, Sergio Órteman y el capitán Lucas Pusineri, Independiente no logró clasificar para las copas Libertadores ni Sudamericana, lo que trajo como consecuencia el fin del ciclo de Falcioni con los Diablos Rojos argentinos.
En esta segunda etapa al frente del club obtuvo el Torneo Apertura, el primer título a nivel profesional de la institución, y a la vez su primer título como entrenador,[7] con la particularidad de ser el único exarquero en coronarse como técnico campeón en la máxima categoría del fútbol argentino.
Su debut oficial no fue el deseado, sufriendo una derrota 1-4 en la Bombonera frente a Godoy Cruz de Mendoza.
[10] En el Clausura 2012, Boca se mantuvo puntero la mayor parte del campeonato, llegando con tres puntos de ventaja sobre sus rivales, pero un empate y dos derrotas consecutivas lo dejaron relegado al cuarto puesto.
[11] En el Torneo Inicial 2012, realizó una campaña aceptable con Boca, sumando 33 puntos y finalizando en el quinto puesto.
Unos días después, Falcioni manifestó que a pesar de todo deseaba seguir a cargo del club, pero Daniel Angelici entendió que los hinchas habían sido contundentes, y de manera conjunta decidieron no renovar el contrato.
El Emperador se fue de Boca con un alto promedio, pero quedó expuesto con relación al manejo del grupo y sus famosas discusiones con Juan Román Riquelme.
[12][13] Sin embargo, tras caer derrotado 3 a 2 ante Lanús en condición de local, decidió renunciar al cargo en la fecha 16.
[20]Un año después, lograría la clasificación a la fase inicial de la Copa Libertadores.
[23] En septiembre de 2019, empezó su tercer ciclo en Banfield y reemplazó a Hernán Crespo en el cargo.
[24]En mayo de 2020, anunció que dejaría su puesto como entrenador para ser manager del club.
Fue convocado en 1989, por el director técnico Carlos Salvador Bilardo, para un partido amistoso contra el seleccionado colombiano, jugado en Barranquilla.
[47] El grupo L´Aldea del Rock le dedicó un tema "El Eterno Emperador" por su destacada gestión en el Club Atlético Banfield.