Pronto destacó por su altura y potencia en ofensiva consiguiendo su primer paso por un club grande, San Lorenzo en 2002.
Frutos no tuvo lugar en el equipo titular de San Lorenzo por lo cual se fue a Nueva Chicago en 2003.
Su primera experiencia europea no fue buena y, tras convertir un solo gol en 18 partidos, regresó a Argentina.
Gracias a su buen desempeño en Gimnasia tuvo una nueva oportunidad en un equipo grande de Argentina, Independiente donde hizo dupla ofensiva con Federico Insúa en el Clausura 2005 y con Sergio Agüero en el Apertura.
Con el Anderlecht hizo 9 goles en 12 encuentros durante la segunda mitad de la temporada 2005-06 ayudando a su equipo a obtener el título de liga[2] y abriendo la puerta para que se incorporaran sus compatriotas Nicolás Pareja, Lucas Biglia y Cristian Leiva.
Sas, médico del equipo declaró que "no le quedaba otra elección.
Permaneció durante 3 años en este cargo, obteniendo Unión en sus formativas resultados excelentes.
Con su estilo de trabajo, innovador, relacionado con su formación europea y su juventud, logro que muchos juveniles sean promocionados al primer equipo, siendo los mismos la base del ascenso logrado por el club en junio de 2014.