Los 14 equipos clasificados más los 16 que entrasen directamente a la tercera ronda formarían los últimos emparejamientos, de los que saldrían los 16 equipos clasificados en última instancia para la fase final del torneo.

En cada grupo todos los equipos se enfrentaron entre sí en un sistema de ida y vuelta.

Esta composición del grupo levantó expectativas, pues el Barcelona y el Chelsea habían creado una gran rivalidad entre ellos, después del emparejamiento de ambos en eliminatorias llenas de polémicas las dos últimas temporadas, con una victoria cada uno.

También el Werder Bremen había sido recientemente rival del Barcelona, pues ambos coincidieron en la fase de grupos en 2005.

Sin embargo, el Inter consiguió remontar a raíz de su derrota ante el Bayern Múnich, y logró imponerse en sus siguientes tres partidos, sellando su clasificación, junto a la del equipo bávaro.

Por otra parte, el Sporting de Portugal parecía tener asegurada su clasificación para la UEFA en su último partido en casa ante el Spartak, pero cayó derrotado por 1-3, y fueron los rusos los que accedieron a la repesca.

En cambio la Roma sí que tenía en juego su clasificación, la cual pudo resolver venciendo al Valencia por 1 a 0.

En aquella ocasión los franceses se clasificaron en primer lugar del grupo, y el Madrid lo hizo como segundo.

Por su parte, el Steaua mostró un alto nivel en su reencuentro con la competición, y logró repescarse a la Copa de la UEFA, cayendo así eliminado el Dynamo de Kiev, que no consiguió ganar ningún partido.

En ella se impuso sin grandes apuros al Estrella Roja de Belgrado.

Con una primera fase sin demasiados problemas, el Milan obtuvo pronto la clasificación matemática para los octavos de final.

Pero no pudo hacer lo propio frente al Anderlecht en el último partido, lo cual hubiese significado la clasificación.

Y el futuro del entrenador madridista, Fabio Capello se encontraba en entredicho.

[13]​ En la segunda parte Lúcio estableció el dos a cero, y puso muy cuesta arriba una posible remontada blanca.

Hubo que esperar a la segunda parte, cuando finalmente Robben logró el buscado gol, con un disparo raso desde fuera del área.

La UEFA tomó medidas disciplinarias al respecto, imponiendo una sanción de 7 meses sin jugar en ninguna competición oficial a Navarro, y cuatro partidos para Marchena.

Además a ambos conjuntos se impuso una sanción económica de 155.772 euros (250.000 francos suizos).

Esta victoria como visitante obligaba a tener que remontar dos goles en la vuelta en Anfield.

Pero no llegó un segundo gol, y el Liverpool supo hacer valer su renta goleadora como visitante, certificando su pase a los cuartos de final.

Al descanso llegaron con un 4-0 en el marcador, tras marcar Cristiano Ronaldo, y con las esperanzas romanas prácticamente agotadas.

El Valencia sin embargo quería intentar que la eliminatoria se decidiese en Mestalla, donde había logrado eliminar al Inter, ya que solo un equipo había podido vencer al Chelsea como visitante, el Barcelona, en la edición anterior.

Su entrenador, Rafa Benítez reservó a varios titulares en el banquillo, mientras que los de Ronald Koeman llegaban con muchas bajas y sin demasiada confianza en la remontada.

Y si los neerlandeses tenían todavía esperanzas en la remontada, éstas se esfumaron con la expulsión directa de Marcellis, en la segunda parte, y con el gol de Crouch tan solo tres minutos después.

Así el partido acabó con otra victoria del Liverpool y con su pase a semifinales.

El equipo inglés ya había demostrado que subía mucho su nivel cuando jugaba en Old Trafford, por ello en el partido de ida resultaba clave para ellos lograr una ventaja de cara a la visita a San Siro.

Kaká dio la vuelta al marcador antes de que acabase la primera mitad con dos grandes jugadas individuales.

Sin embargo en esta ocasión los londinenses llegaban como favoritos, como demostraron en el partido de ida en Stamford Bridge.

Sin embargo, hacía solo dos temporadas que había perdido otra final justamente contra el Liverpool, después de caer en la tanda de penales, después del empate final a tres goles.

Los disparos más peligrosos fueron desde fuera del área, que no encontraron la portería, por parte de Xabi Alonso, Gerrard o Riise.

El jugador con mayor número de goles en la competición, en cuya cuenta no se incluyen los goles marcados durante las eliminatorias previas de clasificación, fue el brasileño Kaká, centrocampista del AC Milan, por lo que también pudo celebrar la conquista del trofeo.