La Copa Intertoto 2006, a diferencia de las anteriores, se desarrolló en 3 fases con 49 equipos.

[1]​ 2Se jugó en el Partizan Stadium en Belgrado, Serbia, debido a que el Stadion Trešnjica en Golubovci no cumplía con los requerimientos de la UEFA 3Se jugó en Herzliya debido a que el estadio del Maccabi Petah Tikva F.C.

Debido al arreglo de partidos por el escándalo en la Serie A del 2006, la FIGC no dio los resultados oficiales de la temporada 2005–06 de la Serie A a tiempo para que el Palermo compitiera en la Intertoto Cup y como consecuencia, el club francés de la Ligue 1 Auxerre lo reemplazó, según los reglamentos de la UEFA relacionados con la Copa Intertoto de la UEFA.

Los 11 equipos que superaron la tercera fase accedieron a la Copa de la UEFA.

El trofeo de campeón de la Copa Intertoto fue entregado al Newcastle United por ser el equipo, de entre los clasificados vía Intertoto, que llegó más lejos en la Copa de la UEFA 2006/2007.