La fase final de la competición dio inicio en septiembre de 2006, con 88 equipos compitiendo por el trofeo que retuvo en su poder el Sevilla FC, previamente conseguido tras su victoria en la edición 2005-06.
En dicha final se enfrentaron dos equipos españoles, algo que ocurría por primera vez en la competición.
Antes de empezar la fase final del torneo, 99 equipos debieron disputar su clasificación en dos rondas previas jugadas durante el verano.
La primera ronda de la competición consistió en emparejamientos a doble partido entre los 80 equipos clasificados finalmente.
En él se repartieron los equipos en ocho grupos de cinco integrantes.
Accederán a la siguiente ronda los tres primeros clasificados.
Cada campeón de grupo en la ronda anterior quedó encuadrado junto a un tercer clasificado como local, con la ventaja de disputar la vuelta como local para el equipo campeón.