Dicho club le cedió dos veces, hasta que fue transferido al Parma en 1995.

Con la selección de fútbol de Italia participó en tres Mundiales y en una Eurocopa, coronándose como campeón del mundo en 2006 tras vencer a Francia Filippo Inzaghi es, junto a Raúl González, Karim Benzema, Robert Lewandowski, Lionel Messi y Cristiano Ronaldo, el sexto máximo goleador en competiciones europeas con 70 goles.

En la temporada 1995 el Parma decidió comprar a Inzaghi al Club Piacenza.

El entrenador del Parma, Nevio Scala, mostró desde un inicio confianza en Inzaghi, proporcionándole la titularidad.

En la apertura del mercado en 1996, el Napoli realiza una rápida oferta para adquirir a Inzaghi en préstamo con opción de compra.

En la temporada 1996 el presidente del Atalanta hace una fuerte oferta al Parma para adquirir a Inzaghi, después de un partido en Verona.

En Bérgamo, entre la directiva y la afición, Inzaghi encontró el ambiente ideal para rendir al máximo.

En la Champions League, sin embargo, la Juventus perdió la final en Ámsterdam ante el Real Madrid.

El conjunto bianconero finalizó sexto en Serie A y no logró clasificarse para la Champions League y tuvo que disputar un partido de desempate ante el Udinese para poder disputar la Copa de la UEFA.

La Juve perdió ese encuentro, por lo que jugó la Copa Intertoto la campaña siguiente.

Sin embargo, una serie de lesiones en la columna vertebral, rodilla, codo y sobre todo en el tobillo hizo que solo disputase 43 partidos en dos temporadas.

Filippo protagonizó en 2006 un final de temporada espectacular, anotando 12 goles en liga y 4 en Champions.

Aunque solo disputó 33 minutos ante la República Checa le bastaron para anotar un gol.

Tuvo una gran actuación con dos goles en la final de la Champions League que enfrentó al Liverpool FC con AC Milan, imponiéndose este último como campeón europeo por séptima vez.

Sin dudarlo respondió al instante que Inzaghi, muchos pensaron que lo dijo de forma sarcástica pues Inzaghi en ese momento ya contaba con 37 años de edad y no solía ser titular.

[13]​ Dicho partido también fue la despedida de mitos del club como Gennaro Gattuso, Alessandro Nesta, Clarence Seedorf y Gianluca Zambrotta.