Ello le valió la concesión de una encomienda por el emperador Carlos I.
Habría sido, además, el primer español en escribir en quechua, elaborando incluso un vocabulario básico español-quechua hoy perdido.
Durante la segunda mitad del siglo XX muy pocos historiadores, exceptuando al peruano Raúl Porras Barrenechea, se habían preocupado de Betanzos.
Betanzos, además de ser valioso como escribano, en la política se movía como pez en el agua, porque hábilmente buscaba acomodo al lado «del sol que más calentaba».
Juan de Betanzos, ahora cumplido asesor al servicio de La Gasca y del obispo Jerónimo de Loayza, debería andar entre leyes y ordenanzas colaborando en buscar fórmulas equitativas para dejar contentos a sus antagonistas y satisfechos a los actuales compañeros con los nuevos repartos que propiciaba la Corona.
Se acogía al perdón real y abandonaba la rebeldía independentista para vivir tranquilamente entre los españoles con las jugosas rentas que le proporcionaban las encomiendas asignadas.
Del agasajo dispensado al Inca, hay una curiosa anécdota originada durante la comida que le ofrece el arzobispo Loaysa: Terminado el banquete, un criado del clérigo entra en la sala con una bandeja de plata donde trae una cédula del virrey con la relación de bienes y mercedes que se otorgarán al Inca.
Este gesto de arrogancia desagradó a Sayri-Túpac, y arrancando un hilo del fleco del mantel que cubría la mesa, sarcásticamente lo mostró al arzobispo mientras irónicamente le decía:
Vuelta a empezar con las negociaciones y Betanzos intervenía otra vez en el difícil cometido; pero Titu Cusi era demasiado audaz y con inteligentes evasivas daría largas al asunto intentando negociar una buena compensación para abandonar su rebeldía.
Y como el virrey tenía poca paciencia, los desatinos de Túpac Amaru le bastaron para invadir el territorio rebelde.
Aquel reducto rebelde, el último territorio inexpugnable que permaneció libre durante treinta y cinco años, había traído de cabeza a los conquistadores y ahora quedaba pacificado e incorporado a la Corona.
Esto desagradó a Felipe II y reprendió severamente el proceder del virrey.