En 1809 regresó a su tierra natal, incorporándose al ejército realista que comandaba su primo, el brigadier José Manuel de Goyeneche.Esta batalla permitió a los realistas recuperar el Alto Perú, que había sido ocupado por los revolucionarios.La infantería de Tristán quedó dueña del campo, pero los revolucionarios destruyeron los abastecimientos realistas y se encerraron en la ciudad, negándose a capitular.Retrocedió hasta la ciudad de Salta, donde se fortificó a la espera del enemigo.Finalmente, Tristán decidió capitular para evitar un inútil derramamiento de sangre y envió un parlamentario a Belgrano.Después de este hecho Tristán cumplió su palabra y abandonó el ejército, retirándose a su natal Arequipa.De este modo muchos oficiales y soldados volvieron a tomar las armas, pero no así Tristán.Tristán se vio envuelto nuevamente en la guerra cuando en 1814 estalló una rebelión patriota en Cuzco.Fuerzas patriotas mandadas por el brigadier Mateo Pumacahua atacaron Arequipa, y Tristán retomó las armas en defensa de su suelo natal.Tristán participó en la lucha contra el Ejército Libertador de Simón Bolívar.Organizó entonces la transición y el traspaso de poderes a las nuevas autoridades peruanas.Se dedicó en lo siguiente a la actividad política, participando en la creación de la Confederación Peruano-Boliviana.
