José de Cuero y Caicedo

[3]​ Lamentablemente, solo las ciudades más cercanas, como Ibarra, Ambato y Riobamba, se sumaron al movimiento quiteño, mientras que Guayaquil se mantuvo leal al rey, y sus autoridades pidieron al virrey del Perú el bloqueo de la costa ecuatoriana para asfixiar a Quito.

Desde Bogotá y Lima, los virreyes españoles despacharon con suma urgencia tropas para sofocar a la Junta Soberana.

Las autoridades hispanas, asustadas por el giro de los acontecimientos, enviaron al oidor Ignacio Tenorio a buscar al Obispo Cuero y Caicedo en el Palacio Arzobispal, para que saliera con otros miembros del clero a tranquilizar al pueblo enardecido y a las tropas del ejército, que no obedecían órdenes y se encontraban saqueando la ciudad.

Al amanecer del 3 de agosto se conoció que en las inmediaciones se estaba formando una multitud de aproximadamente 500 jinetes anti-realistas, que armados de lanzas y espadas invadirían Quito; las autoridades se agitaron ante la noticia y volvieron a solicitar la intervención del Obispo, quien hizo convocar a Cabildo abierto la tarde del 4 para discutir la solución.

[6]​ Tan pronto arribó, el joven Montúfar decidió convocar una nueva junta; esta se denominaría Junta de Gobierno, y era un triunvirado formado por Ruiz de Castilla, el obispo Cuero y Caicedo y el propio Carlos Montúfar.

Esto motivó a que la Junta reorganice un ejército con varios batallones para enfrentarlo y, en primer lugar, detener la marcha del Coronel Arredondo contra Quito e impedir el acercamiento de Montes a la ciudad.

[11]​ Por temor a la barbarie española, buena parte de la población abandonó la capital hacia el norte, buscando refugio en la ciudad de Ibarra, entre ellos el mismo obispo Cuero y Caicedo.

[2]​ El obispo se había refugiado en la Hacienda El Empedradillo, a las riveras del río Chota, hasta donde Montes le envió un comunicado para que se presente en Quito a responder por los cargos que se le levantaron, a lo que Cuero y Caicedo se negó; entonces Montes procedió a confiscar parte de sus bienes y solicitó al Cabildo Eclesiástico que declarara la sede vacante, acusando al viejo Obispo de haber abandonado su Diócesis, presidir la Junta Revolucionaria y abrogarse el Vicepatronato Real.

[3]​ Primero fue trasladado a Lima, desde donde debía seguir con su viaje junto a Antonio Nariño y otros próceres latinoamericanos más que también habían caído en manos españolas.