Ocupada Lima por el Ejército Libertador, optó por permanecer en la ciudad, pues consideró que lo más importante era continuar su labor pastoral en su arquidiócesis.Ello no impidió que defendiera férreamente los fueros de la Iglesia católica.Acosado por el partido antiespañol encabezado por el ministro Bernardo Monteagudo, regresó a España en 1822.Pero entró en disputa con el obispo Francisco López Sánchez y no quiso asumir el deanato, por lo que debió ir a Lima para presentar su caso ante el arzobispo.[1] También compró de su peculio una casa que estaba al lado del edificio del seminario, para que este fuera ampliado, entregando las obras de refacción al afamado arquitecto Matías Maestro.Durante esa época se mostró, ante todo, firme en defender los fueros de la Iglesia, sin distinciones.[7] El mismo general José de San Martín lo felicitó por esa decisión.[1][8] Cuando se le advirtió que las disposiciones del gobierno tenían carácter de «irrevocables», anunció que prefería renunciar al arzobispado, antes de hacer cumplir tales arbitrariedades.Tenía entonces 80 años de edad y una precaria salud, por lo que pidió que se le diera pasaporte para Panamá, pues no estaba en condiciones físicas para realizar el viaje por la ruta del Cabo de Hornos.A la postre, no tuvo otra opción sino embarcarse en una nave que siguió esa ruta, con escala en Río de Janeiro.
El arzobispo Las Heras estuvo presente en la ceremonia de la proclamación de la independencia del Perú, por el general
José de San Martín
. Óleo de
Juan Lepiani
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