Fue solo a partir de 1747 que se contó con un escribano especial para los registros.

Según el mismo Estrada, es este el primer capitán del Puerto de Guayaquil que se ha identificado, pero hay la posibilidad de que haya tenido antecesores en el cargo.

Es un suceso de importancia histórica el que una nave esté lista para zarpar en forma inmediata para cumplir la misión encomendada.

El gobierno fue adquiriendo algunos buques indispensables para el mantenimiento de la soberanía grancolombiana en el Pacífico; es así que en 1823 se conforma la primera fuerza naval con los siguientes buques de guerra: la goleta “Guayaquileña”, el bergantín “Chimborazo” y la corbeta “Pichincha”.

Las unidades grancolombianas, conformando dicha escuadra, participaron en algunas acciones navales contra los realistas y también en el bloqueo del Callao, último reducto español en América del Sur.

A inicios del año 1825, el almirante Guise, Comandante en Jefe de la Escuadra bloqueadora del Callao, arriba a Guayaquil a bordo de la fragata “Protector” para realizar reparaciones, y por presentarse en este puerto un conflicto entre Guise y el Intendente de Guayaquil, general Juan Paz del Castillo, por ciertas irregularidades en el comportamiento del primero, es destituido, nombrándose en su reemplazo como comandante de la Escuadra Unida al comandante Juan Illingworth.

El 8 del mismo mes, el general Juan José Flores disponía el ejecútese.

Los otros buques participantes en dicha campaña fueron el cazatorpedero “Libertador Bolívar”, el transporte “Constitución”, el guardacostas “Patria”, el vapor “Enrique Valdez” y el torpedero “Tarqui”.

Durante la guerra que sostuvo Ecuador con su país fronterizo Perú, la armada ecuatoriana tuvo un relevante papel durante este conflicto ya que la armada se dedicó al apoyo de las tropas en tierra, escoltando de las motonaves que partían de Esmeraldas, Manta y Guayaquil que llevaban a bordo soldados y suministros hacia Puerto Bolívar y zonas aledañas.

En este periodo el buque escuela "Presidente Alfaro" se encontraba en reparaciones en Reino Unido; no fue hasta el año de 1943 que estuvo listo para zarpar, además el torpedero "Libertador Bolívar" se encontraba fuera de servicio por pésimo mantenimiento.

Tomando en cuenta este eje, Ecuador comenzó a comisionar buques de procedencia estadounidense y británica, pero su papel principal era el patrullaje marítimo costero.

En 1947 se incorpora por primera vez un fragata ligera de la clase PF "BAE Guayas" y el remolcador Cotopaxi.

Posteriormente, en los años 1991 y 1992 se adquiere las fragatas misileras inglesas clase Leander, las cuales vinieron a reemplazar a dos unidades mayores que, luego de haber cumplido su ciclo, fueron dadas de baja en la armada del Ecuador.

Los comandos tienen asignados buques, aviones y submarinos, medios con los que efectúan entrenamientos durante la paz, para su empleo estratégico en caso de conflicto o guerra, de acuerdo a las misiones que reciban.

Su estructura es la siguiente: El personal de la infantería de marina está constantemente capacitándose y entrenándose en diferentes tipos de operaciones como: asalto, apoyo, seguridad, reconocimiento, operaciones en selva, contra terrorismo, búsqueda y rescate; y en diferentes tipos de ambientes y escenarios ; teniendo como resultado una élite dentro de la Armada del Ecuador con tropas capacitadas para operar en cualquier parte del territorio nacional, altamente motivadas por el impulso del deseo del combate.

Clase Orión Se prevé modificarlo para alcanzar el potencial de una corbeta.