Estudios geológicos realizados en ella demuestran que originalmente existía allí un pantano[1], atravesado por el río Saphy (actualmente canalizado y cubierto).
En esta plaza, fue ejecutado Túpac Amaru II en 1781 así como el cacique Bernardo Tambohuacso, Mateo Pumacahua y varios otros próceres de la independencia del Perú.
Algunos autores como María Rostworowski explican el nombre mediante la teoría de Gonzales Holguín dicen que fue llamada Aucaypata (Awqay(?)
Otros como el viajero norteamericano George Squier (cuya expedición al Cusco fue en 1863) aseguran que su nombre fue Huacapata ((del quechua: lugar sagrado))[7].
[1] El pantano se formó debido al continuo riego de los ríos Saphy y Tullumayu.
El palacio del inca Viracocha denominado Sunturwasi corresponde hoy a la manzana donde se ubica la Catedral.
Luego, construyeron casonas virreinales, catedrales, templos y capillas sobre los palacios incas.
En algunos casos el alquiler de un local sobrepasa los 1500 dólares mensuales[cita requerida].
En la primera década del siglo XXI, diversas franquicias nacionales e internacionales ingresaron al mercado cusqueño, abriendo sus primeros locales en la plaza de Armas, es el caso de la empresa peruana Bembos y las norteamericanas McDonald's, Starbucks y KFC.