Su recorrido cruza el centro histórico de la ciudad del Cusco y se encuentra mayormente entubado.

Desde el imperio inca, el río estuvo canalizado por paredones líticos laterales que aún existen.

El río separa los barrios de San Blas y San Cristóbal que fueron unidos por puentes hasta que en las primeras décadas del siglo XX, dentro de un programa de modernización urbana, se entubó completamente la calle hasta la zona de Pumacchupan donde confluye con el río Saphy - que también corre entubado por debajo de las calles del Cusco - formando el río Huatanay.

El río, durante todo su paso entubado por la ciudad incaica, tenía catorce puentes[4]​.

Entre los años 1909 a 1919 se procedió con entubar el segmento que va desde Sapantiana hasta la calle Ruinas.