Al inicio de la época republicana, la ciudad del Cusco se mantenía como una de las urbes más importantes del sur del país pero experimentó un proceso de decaimento debido, entre otras razones, al aislamiento en que se encontraba con relación al litoral y a la ciudad de Lima[1].
A fines del siglo XIX, cuando se inició la construcción del Ferrocarril del Sur se postuló la comunicación a través de esta vía férrea con el litoral sin embargo, el tramo que uniría al Cusco con la ciudad de Juliaca se paralizó en 1875 por dificultades económicas.
En 1890 se reanudó su construcción pero se volvió a paralizar en 1894 habiendo llegado sólo hasta la ciudad de Sicuani.
Recién en 1908 se culminó la construcción del ferrocarril hasta el Cusco debido también a la resistencia de la oligarquía regional que preferían que el ferrocarril no pasara por esta ciudad sino que atravesara el valle del Urubamba hasta la provincia de La Convención.
Desde septiembre de 1999, la estación está concesionada a la empresa Ferrocarril Trasandino.