Se le ha atribuido una supuesta carta remitida al emperador Carlos V, fechada en Cajamarca el 5 de agosto de 1533, que no llegó a su destino, y en el que acusaba a Pizarro de haber ganado la «batalla» de Cajamarca mediante una estratagema traicionera, al dar vino envenenado a los oficiales del inca Atahualpa antes del encuentro, entre otros excesos y abusos.
Cuando los pizarristas más exacerbados propusieron la captura de Almagro durante dicha conferencia, Chaves se opuso enérgicamente, al considerarlo un acto traicionero.
La represalia española sobrepasó los límites y desembocó en un verdadero genocidio: luego de quemar y empalar a hombres y mujeres, Chaves hizo asesinar a 600 niños menores de nueve años, a los que hizo previamente pronunciar su apellido en vez del nombre de Jesús.
Este crimen, acontecido en 1539, fue condenado por los mismos españoles y fue denunciado ante la corte real.
[1] Toda un área extensa fue convertida en el corregimiento de Conchucos, involucrando bajo la misma jurisdicción a los pincos, huaris y piscopampas.
Incluso alojó en su casa a Diego de Almagro el Mozo, pero luego lo despidió, acaso para congraciarse con los pizarristas.
[1] Se especuló después que, si hubiera cerrado la puerta de la habitación (tal como le había ordenado el mismo Pizarro), los almagristas no habrían logrado su propósito de matar al marqués, y él mismo hubiera salvado la vida.
Su intención de querer apaciguar a los conjurados habría sido pues, su error fatal.
Antes de partir, Chaves celebró con Tito Atauchi unas capitulaciones de paz y amistad que reconocieron a Manco Inca como legítimo heredero del Imperio y, confederados los españoles con los indios, se observarían las antiguas leyes de los Incas que no contradijesen la ley cristiana.
Tradición andina e historia colonial" donde se presentaron dos cuerpos de documentos o legajos jesuíticos, más conocidos como los documentos Miccinelli, atribuidos a autores distintos (entre ellos Blas Valera, Antonio Cumis y Anello Oliva, siglo XVII): Exsul Immeritus Blas Valera Populo Suo (EI) y Historia et Rudimenta Linguae Piruanorum (HR).
La carta no llegó nunca a su destino y se dice que pasó a manos del conquistador Luis Valera, padre o tío de Blas Valera, quien escribió una crónica denunciando estos hechos, la cual pasó a manos del Inca Garcilaso, quien usó parte de su información para redactar sus Comentarios Reales.
La transcripción de la carta fue presentada por la doctora Laura Laurencich-Minelli, quien ha estudiado a fondo los documentos Miccinelli.