Se iniciaba así la primera guerra civil entre almagristas y pizarristas, por la posesión del Cuzco.
[2] Luego capturó al capitán Perálvarez en otra emboscada que tendió en el Apurímac.
[2] Su siguiente misión fue apoyar a Rodrigo Orgóñez en su lucha contra Manco Inca, refugiado en Vitcos.
[3] Pero ello fue un error, pues una vez libre, Hernando se puso a la cabeza de los pizarristas y continuó la guerra.
[2] Nombrado capitán de los almagristas, en el consejo recomendó al principio que se apresara a todos los pizarristas, pero luego cambió de parecer y aconsejó que se los tratara bien para así ganarlos a la causa rebelde.
Los presentes intentaron calmarlo, pero no lo lograron, por lo que fue apresado y llevado a un navío anclado en el puerto del Callao.
Sorprendido ante tal sentencia, se negó a sacramentarse, diciendo «que dos sillas tenía, la una en el cielo y la otra en el infierno, y que ya la Potencia divina tenía determinado a cuál de aquellas partes había de ir».