El río Apurímac nace en la cordillera de los Andes, entre Cuzco y Arequipa, a 650 km al sureste de Lima y 160 km al oeste del lago Titicaca.

La confluencia marca el tripunto fronterizo entre los departamentos de Junín, Ayacucho y Cuzco.

Se dirige hacia el este y su longitud es de unos 50 km desde su fuente más lejana cuando recibe al río Hornillos, que llega desde el sur.

Por tanto, el curso del considerado ahora río más largo del mundo es el siguiente: Apacheta → Lloquera → Challamayo → Hornillos → Apurimac → Ene → Tambo → Ucayali → Amazonas peruano → Solimões → Amazonas.

La zona del Mantaro fue agregada en el 2012, por ello el cambio de VRAE a VRAEM.