Discurre por la vertiente oriental de los Andes peruanos, en la parte sur del país.

Este río se forma por la confluencia del río Mantaro y el río Apurímac a unos 400 m s. n. m., el punto donde se unen los departamentos de Junín, Cusco y Ayacucho 12°15′46″S 73°58′44″O / -12.26278, -73.97889).

Su valle es objeto de lento poblamiento.

El río Ene es de corto recorrido (180,6 km), bajando 160 metros de altura, desde los 468 m s. n. m. hasta los 308 m s. n. m. (metros sobre el nivel mar).

Luego, río abajo, sus aguas forman parte del río Ucayali (al unirse al río Urubamba) y más abajo al río Marañón y finalmente forman parte del río Amazonas en territorio peruano.