Su especie más emparentada desde un punto de vista genético es el cocodrilo americano (Crocodylus acutus), se diferencian en que el C. intermedius no presenta la elevación preorbital típica del C. acutus, pues tiene el hocico más acentuado y estrecho, además la sínfisis mandibular se extiende hasta el sexto diente en el C. intermedius, mientras que en el C. acutus solo llega hasta el cuarto o el quinto, también presentan diferencias en el escamado.
[15] El cocodrilo del Orinoco presenta tres patrones de coloración bien diferenciados, todos ellos con la zona ventral blanca.
En Colombia están presentes los tres patrones, mientras que en Venezuela, solo se encuentran el amarillo y el negro; los ejemplares de color negro suelen ser más grandes, agresivos y atacan a sus presas generalmente bajo el agua.
[37] El cocodrilo del Orinoco pone sus huevos en agujeros,[38] unos días antes de la puesta la hembra busca el lugar adecuado para cavar un nido y poner sus huevos allí, este comportamiento se puede observar desde la primera semana de enero,[39] la hembra excava el nido con sus patas traseras, por lo tanto, las hembras más grandes que tienen extremidades más largas tienden a hacer nidos más profundos.
[49] Las hembras en cautiverio son más agresivas, salen bruscamente fuera del agua emitiendo siseos, gruñidos o chasqueando sus mandíbulas y permanecen en el nido hasta que el intruso se retire.
[57] El carancho norteño (Caracara cheriway) de vez en cuando puede comer huevos cuando son desenterrados por otros depredadores.
Por último, los huevos pueden ser destruidos accidentalmente por otros cocodrilos o tortugas terecay (Podocnemis unifilis) que anidan en los mismos lugares.
[60]El cocodrilo del Orinoco es carnívoro,[61] se considera una especie oportunista porque se alimenta de una gran variedad de presas, aunque tiene preferencia por un régimen piscívoro,[62] su dieta varía en función del tamaño, por lo tanto, las crías recién nacidas se alimentan de insectos y otros invertebrados pequeños, a medida que van creciendo incorporan a su dieta peces, ranas, serpientes, aves y mamíferos.
[66] Especies como (Podocnemis unifilis, Phrynops geoffroanus y Podocnemis vogli) se encuentran entre su alimentación; también pueden cazar aves como: (Anhinga anhinga, Ardea alba, Egretta caerulea, Bubulcus ibis, Butorides striata, Phalacrocorax brasilianus, Syrigma sibilatrix, Pilherodius pileatus, Nyctanassa violacea, Tigrisoma fasciatum, Tigrisoma lineatum, Botaurus pinnatus, Dendrocygna bicolor, Dendrocygna autumnalis, Dendrocygna viduata).
[78] El cocodrilo del Orinoco toma el sol más en la estación seca que durante la época de lluvias, Antelo explica esto por el hecho de que la amplitud térmica es mayor en el período seco, lo que resulta en menores temperaturas del agua en la mañana, entonces el reptil se ve obligado a descansar más tiempo al sol para aumentar su temperatura corporal.
[80] Para el cocodrilo del Orinoco los sonidos representan el medio más importante para interactuar con otros individuos de su especie.
[83] El cocodrilo del Orinoco también emite «siseos», este sonido, de corto alcance y de hasta cinco segundos se lleva a cabo al exhalar aire por la boca mientras esta se encuentra cerrada.
[83] Este chasquido de mordazas puede ser precedido por un siseo o gruñido con la boca cerrada, y puede ser realizado tanto en el agua como en la tierra.
[88] El cocodrilo del Orinoco también pueden adoptar una postura intimidante denominada «cuerpo inflado» que consiste en inhalar aire y acumularlo en sus pulmones temporalmente para aumentar su volumen.
[91] El cocodrilo del Orinoco también puede galopar, para ello, empuja con las patas traseras mientras que los miembros anteriores permanecen en el aire y absorben el impacto al momento de la caída.
En 2011, un estudio basado en el análisis mitocondrial de todas las especies del género Crocodylus proporciona resultados similares.
Los recursos paleontológicos cruzados con los análisis genéticos apuntan a una migración reciente, tal vez durante el plioceno, del Crocodylus al Nuevo Mundo desde África.
[100] El cocodrilo del Orinoco es una especie en peligro crítico de extinción, sus principales poblaciones están localizadas en los ríos Tucupido en el estado Portuguesa, Capanaparo en el estado Apure, el embalse de Camatagua en el estado Aragua y en los ríos Cojedes y Sarare en el estado Cojedes.
Además, los cocodrilos son asesinados cuando entran en conflicto con los humanos, mientras que la caza ilegal es cada vez mayor.
[109] Con una duración de al menos diez años durante su primera fase, el programa tiene por objetivo prevenir la extinción del cocodrilo del Orinoco en Colombia, promover la recuperación de la especie en su hábitat natural y permitir su conservación a largo plazo.
Esta área protegida sirve como un proyecto piloto para la reintroducción de cocodrilos criados en cautiverio a su hábitat natural.
[32] Desde 1989 y hasta 2008, los cocodrilos nacidos en cautiverio se han liberado en el caño Guaritico durante el mes de mayo.
Desde principios de 1990, muchas crías se han liberado en ranchos privados y en parques nacionales venezolanos.
[121] Así Codazzi señala su uso para aliviar los síntomas del reumatismo, mientras que, según Páez, la grasa ayuda a curar las heridas de los caballos.
Esto ya es señalado por Gumilla, quien encuentra que los indios Otomakes los venden a muy buenos precios como tratamiento contra hierbas venenosas y mordeduras de serpiente.
También de acuerdo con Cisneros, el pene ayudaría a tratar el tétanos, mientras que la grasa podría tener efectos purgantes, además los nativos la usan para el lavado gástrico.
Por otra parte, Thorbjarnarson (1987), informa que los huevos y el pene de cocodrilo del Orinoco servirían como remedio para el asma.
La grasa ayudaría a curar resfriados, así como contusiones y problemas en la piel de los caballos.
Por otra parte, los colmillos de los cocodrilos del Orinoco son utilizados principalmente por las mujeres como adornos para decorar sus cuerpos.
[120] En la canción «Mercedes», el cantante venezolano Simón Díaz cuenta la historia de una chica atacada por un cocodrilo del Orinoco mientras nadaba en un río.