El Imperio se partió en 843 por el tratado de Verdún, con la zona que quedaba al oeste del río Saona entregada a Francia Occidental como el Ducado francés de Borgoña, mientras que las partes oriental y meridional de lo que anteriormente era el reino burgundio le correspondieron a la Francia Media bajo el emperador Lotario I.En 933, con el colapso del Imperio carolingio, tanto la Baja como la Alta Borgoña fueron reunidas en el reino de Arlés (Arelato) bajo el rey Rodolfo II, que a su vez se derrumbó en la anarquía feudal con la extinción de su dinastía en 1032.Sin embargo, el ducado fue tomado como un feudo revertido por el rey Roberto II de Francia dos años más tarde y sólo fue capaz de mantener el gobierno sobre el condado del Arelato con su residencia en Dole.En el siglo XII, la protección imperial permitió el desarrollo de Besanzón, pero en 1127, después del asesinato de Guillermo III, su primo Reginaldo III se liberó del yugo imperial.A la muerte del emperador Federico en 1190, su hijo menor Otón I recibió el condado de Borgoña y asumió un título tan raro que posiblemente sea único, el de archiconde.Sin embargo, esto no impidió que un hijo menor, Juan de Chalon-Arlay, controlase los estados vasallos.Al casarse su hija y heredera Juana con el duque Eudes IV de Borgoña, quedaron unidos de nuevo el ducado y el condado bajo su gobierno, seguido por su nieto el duque Felipe I.En 1382 ella legó sus estados a su hijo el conde Luis II de Flandes.
Escudo de armas del condado de Borgoña antes de 1280
