[2][3] El gobierno chileno rechazó en el acto las exigencias del jefe español, y comprendiendo que el ultimátum significaba la guerra, dio órdenes a Williams de salir de Valparaíso con la corbeta Esmeralda y el vapor Maipú para buscar refugio en Chiloé.[9] Pareja por su parte se había dado el trabajo de mantener bloqueados los principales puertos chilenos, haciendo en un inicio varias presas mercantes, y asumió las dificultades que representaba hacer efectivo esta operación naval debido a la extensión de la costa.[10][11] El capitán chileno halló a la escuadra peruana en Chilca y pasó a parlamentar con el comandante Lizardo Montero para poner en práctica la alianza, pero no obtuvo el apoyo esperado de este jefe debido al estado de guerra civil en el Perú y por no estar este país en conflicto formal con España.[15][16] Luego determinó pasar con la corbeta a recorrer con cautela la costa para informar al gobierno los resultados de su comisión en Perú e intentar acometer algún otro ataque de ser posible, separándose del Maipú y enviándolo a Chiloé por considerarlo inútil para sus propósitos.[20] Cabe señalar que mantendría el bloqueo junto al vapor Matías Cousiño,[nota 4] aunque luego quedaría sola.[15] Entonces decidió atacar ese punto por ser el más vulnerable, zarpando el 22 de noviembre[8] hacia el norte para llevar a cabo este cometido.[4] Sus falencias eran las siguientes: La Virgen de Covadonga se hallaba en buen servicio respeto a su tripulación y al estado del casco.El capitán chileno utilizó esa estratagema de engaño para poder acercarse a la nave española hasta tenerla a distancia de tiro, ya que creía que tenía mayor andar y podía escapársele.Durante el desarrollo del combate, la Esmeralda gobernó sobre la Virgen de Covadonga en las evoluciones o movimientos tácticos.[40] Fery en esta ocasión había logrado engañarlo para ejecutar el disparo al fingir una maniobra contraria a la que inmediatamente realizaba, consiguiendo hacer dos tiros más con sus colisas.[40] Los artilleros de la goleta estaban muy expuestos a los tiros, y no consiguieron por esta razón hacer más disparos con sus colisas.Según Williams, la rendición se la comunicó el jefe español a viva voz dada la cercanía.En específico todos sus botes fueron destruidos por la metralla, la arboladura con varios balazos, la maniobra cortada, roto el timón y el casco acribillado.[46] Pese a la abismante y desproporcionada debilidad chilena en el mar, se había desarrollado una exitosa acción ofensiva contra una unidad de guerra española, que resultó capturada y pasó a engrosar la pequeña escuadra chilena, como su tercer buque.Para los chilenos, que no se encontraban en una buena situación estratégica la captura de la Covadonga contribuyó a generar una crisis en el mando español.Por otro lado Perú finalmente declaró la guerra a España y comprometió el envío de la escuadra peruana para unirse a la chilena en Chiloé y esperar allí la llegada de los nuevos buques blindados Huáscar e Independencia.Aunque en poco tiempo el bloqueo solo se concentró en Valparaíso sin tener puertos en los que abastecerse, pues igualmente los gobiernos de Bolivia y Ecuador rompieron relaciones con España.Méndez Núñez realizaría expediciones para recuperar la goleta Covadonga y destruir la flota aliada, pero sin tener éxito.
