[6]​ Este fue encontrado en las cercanías de las vías del tren longitudinal, en un sector llamado “Los Rieles”.

Hacia 1995, el registro arqueológico de los cazadores recolectores del Holoceno tardío en Los Vilos se caracterizaba como ocupaciones que: En las terrazas litorales que rodeaban a Los Vilos, el ambiente se encuentra significativamente influenciado por el medio marino.

[8]​ Estos cambios pueden estar relacionados con eventos climáticos denominados como Neoglaciales, o tiempos caracterizados por una menor temperatura y mayor pluviosidad.

En este nivel cultural holocénico tardío se identificó una industria principalmente constituida por el aprovechamiento de guijarros.

La primera oleada de agroalfareros llegados desde el Noroeste Argentino fue la Cultura Molle, la cual se mezcló con los cazadores-recolectores locales para posteriormente dar origen a este pueblo.

Hacia el año 2500 a. C., estos cazadores entran en contacto con otros grupos que ya tienen nociones de agricultura, y con el tiempo comienza a establecerse una cultura agroalfarera en el valle del Elqui, la cual lleva por nombre El Molle por el pueblo del mismo nombre que queda al este de la ciudad de La Serena.

Se han descubierto vestigios del complejo Huentelauquén y evidencia alfarera de contextos tardíos e históricos tempranos.

[19]​ En sus Crónicas históricas de Illapel (1988), el abogado Arturo Serey Cortés narra que, después del fallecimiento del capitán Hernández, la estancia fue heredada por su hijo, el maestre de campo general Cristóbal Hernández Pizarro, nacido en La Serena.

Esta última propiedad la compró Tomás Antonio Echavarría Azcárate y testó en Illapel en 1795.

La última persona en heredar una porción significativa de los terrenos que hoy conforman la comuna vileña fue la austriaca judía Editha Wessely, a quien popularmente se la conoció durante gran parte del siglo XX como “la dueña de Los Vilos”.

[19]​ Para la Guerra con España, Los Vilos era un puerto menor (fue declarado como tal bajo el gobierno de Manuel Montt y en 1865, el año en que estalló el conflicto, fue habilitado para los efectos bélicos por el entonces presidente José Joaquín Pérez.

En esa misma década los grandes capitales que trabajaban en el puerto compraron en Inglaterra un vapor de carga que recorrerá las costas transportando mercancías por espacio de cuarenta años.

[nota 1]​ Hasta Los Vilos llegó el monitor peruano Huáscar en 1879 al mando del comandante Miguel Grau.

[nota 4]​ El impulso dado por los gobiernos parlamentarios se vio reflejado en las obras de infraestructuras tales como la vía férrea del Choapa, inaugurada en 1896, con la visita a Los Vilos del presidente Federico Errázuriz Echaurren.

El epicentro del terremoto fue tierra adentro y el tsunami podría haber sido causado por un deslizamiento submarino provocado por el temblor.

Coquimbo no lo pasó mejor, ya que el mar entró seis veces al pueblo, llevándose veinticuatro víctimas consigo, la mayoría de la población La Victoria.

El geógrafo chileno Luis Risopatrón lo describe como una ‘aldea’ en su libro Diccionario Jeográfico de Chile en el año 1924:[28]​ : 934 Durante los años 1947 y 1950, el muelle entra en un período crítico debido a la acción oxidante y por el deterioro de los rieles, provocando un serio trastorno económico al pueblo.

A la postre ningún trabajador resultó herido, y una de las locomotoras que se hallaba con cuatro vagones sobre el muelle quedó rozando las olas (leyenda, el muelle cerró su acceso mucho antes de caer).

En materia política, el Partido Liberal concentró la mayoría de los votos en la zona hasta 1965.

En el verano las temperaturas aumentan considerablemente y en el invierno bajan pero siempre reguladas por el efecto del mar.

[31]​ Además, la comuna posee diversos cuerpos de agua, entre los que se destacan el río Quilimari.

[32]​ Dentro del territorio de la comuna se pueden hallar los siguientes ecosistemas:[33]​[34]​[35]​ En litoral de Los Vilos se registran las siguientes variedades arbustivas: chamucilla (Bahia ambrosioides), baturro (Baccharis concava) y puya (Puya venusta); y herbáceas: picún (Anisomeria litoralis), tupa (Lobelia polyphylla) y coralito (Fuchsia lycioides), mientras que en las planicies litorales dominan el palo negro (Haplopappus foliosus), las cactáceas (Eulychnia costanea) y las variedades espinosas.

También presenta una costanera, que incluye la playa principal y diferentes lugares de atracción.

La principal caleta de Los Vilos, al final (desde norte a sur) de la playa principal, es la San Pedro, con una gran variedad gastronómica y alimentos frescos y naturales.

Actualmente la isla es visitada en verano por embarcaciones que salen de las caletas cercanas.

Tiene habilitado un mirador, un paseo peatonal y un sector de pícnic aledaño a una laguna humedal costera, que está protegida con una cerca para dar espacio a las migraciones de aves protegidas.

Los Vilos también cuenta con una amplia gama de restaurantes costeros que ofrecen salmón, sierra (Thyrsites atun), reineta (Brama australis), merluza (Merluccius gayi), congrio (Genypterus chilensis, G. maculatus y G. blacodes) , machas (Mesodesma donacium), piure (Pyura chilensis), picorocos (Austromegabalanus psittacus), jaibas (Cancer edwardsii, lapas (Fisurella spp), y locos (Concholepas concholepas), cuando no están en veda.