Las selecciones de Eritrea y Somalia no se inscribieron para participar en el torneo, mientras que Zanzíbar y Reunión no lo hicieron por las condiciones que les impone la CAF a sus asociaciones de fútbol.
CIV Costa de Marfil (56) GHA Ghana (52) TUN Túnez (35.4) BFA Burkina Faso (34) MLI Malí (34) NGA Nigeria (33.5) ALG Argelia (32) ZAM Zambia (31) CPV Cabo Verde (29.5) COD RD Congo (28) GUI Guinea (26) SEN Senegal (24) CMR Camerún (23.5) RSA Sudáfrica (23.5) CGO Congo (22) EQG Guinea Ecuatorial (19) ANG Angola (17) ETH Etiopía (15) TOG Togo (14.5) MAR Marruecos (14) NIG Níger (13) EGY Egipto (12.5) UGA Uganda (12.5) MWI Malaui (12) SDN Sudán (11.5) MOZ Mozambique (11) BOT Botsuana (11) LBY Libia (9.5) SLE Sierra Leona (9) LES Lesoto (6) KEN Kenia (6) BEN Benín (5.5) RWA Ruanda (5.5) TAN Tanzania (5.5) CTA República Centroafricana (5.5) ZIM Zimbabue (5) LBR Liberia (4.5) GAM Gambia (4.5) NAM Namibia (4) GNB Guinea-Bisáu (3.5) SEY Seychelles (3) BDI Burundi (3) MTN Mauritania (2.5) CHA Chad (2.5) MAD Madagascar (2.5) STP Santo Tomé y Príncipe (2) COM Comoras (1.5) SWZ Suazilandia (1.5) SSD Sudán del Sur (1) MRI Mauricio (0.5) DJI Yibuti (0) El sorteo tuvo lugar el 8 de abril de 2015 en el Hotel Marriott ‘Zamalek’ en El Cairo capital de Egipto a las 15:00 hora local (UTC+2).
[7] El procedimiento fue como sigue:[6] De esa manera quedaron conformados los trece grupos del torneo.
[9] Las 52 selecciones participantes son divididas en 13 grupos de 4 equipos cada uno, por primera vez el país anfitrión de la fase final del torneo (Gabón) participará en la clasificación, aunque los partidos que juegue en su grupo no se toman en cuenta al momento de contabilizar los puntos y solo son considerados como amistosos.
La selección de Gabón quedó sorteada en el grupo I, pero al estar clasificada automáticamente a la Copa Africana 2017 por ser el país anfitrión los partidos que jugará en este grupo solo serán considerados como amistosos y no se tomarán en cuenta al momento de la repartición de puntos a los otros tres equipos.