Con el inicio de la guerra civil, el nivel del combinado somalí disminuyó bastante y tuvo como gran consecuencia que algunos futbolistas cambiaran los balones por las armas.
En la actualidad, es uno de las selecciones más débiles del mundo, pero, a pesar de este deshonor, posee algunas figuras tales como Cisse Adan Abshir, Liban Abdi y Khalid Ali Mursa.
Su primera participación en una eliminatoria mundialista tuvo como resultado una rápida eliminación a manos de Níger.
Cuando todos apuntaban para una victoria somalí, ya que por estadística era superior al cuadro yibutiense, esté, a falta de 6 minutos para que finalizé el cotejo, consiguió el gol del triunfo y dejó fuera de carrera al equipo blanquiazul.
Estas eliminatorias supusieron la devolución de la localía a Somalia, pero en Yibuti.