Los 12 ganadores de la primera fase se suman a los 28 equipos pre-clasificados para completar 40.
Estos se dividen en 10 grupos de 4 equipos cada uno.
El primero de cada grupo accede a la tercera y última fase.
CIV Costa de Marfil EGY Egipto GHA Ghana BFA Burkina Faso NGA Nigeria SEN Senegal RSA Sudáfrica CMR Camerún ALG Argelia TUN Túnez GAB Gabón LBY Libia MAR Marruecos GUI Guinea BOT Botsuana MWI Malaui ZAM Zambia UGA Uganda MLI Malí CPV Cabo Verde BEN Benín ZIM Zimbabue CTA República Centroafricana SLE Sierra Leona SDN Sudán NIG Níger GAM Gambia ANG Angola KEN Kenia TOG Togo NAM Namibia LBR Liberia MOZ Mozambique EQG Guinea Ecuatorial ETH Etiopía LES Lesoto RWA Ruanda COD República Democrática del Congo CGO Congo TAN Tanzania
El sorteo se realizó el 16 de septiembre en El Cairo.