[7]​ En 2012, Sudán del Sur se incorporó oficialmente a la FIFA.

Tras incorporar al serbio Zoran Djordevic como entrenador en reemplazo del interino Malesh Soro, Sudán del Sur jugó su primer partido internacional contra otra selección el 11 de julio de 2012.

El rival fue Uganda, cuyo resultado final fue de un empate a 2.

Entremedias de estos dos encuentros, se enfrenta a Kenia con la que cae derrotada por 0-2, y con Etiopía,con la que también cae por un aceptable 0-1.

En la clasificación para la Copa Africana de Naciones 2015, Sudán del Sur, sorprendentemente, pasó a la segunda ronda al retirarse Eritrea pero en el primer partido de la segunda ronda, Sudán del Sur cayó con un contundente 5:0 de Mozambique, para intentar magiar el resultado y pasar a la tercera ronda, necesitaba ganar, pero en el segundo partido empataron 0:0 por lo cual Mozambique clasificó a la tercera ronda, pero Sudán del Sur, feliz por enfrentar a un equipo fuerte, al cual, Mozambique no logró clasificarse al enfrentarse con Zambia, Cabo Verde y con Níger con sólo 1 victoria, 3 empates y 2 derrotas, se colocó en el tercer lugar, por debajo de Zambia y por arriba de Níger.