Después, siguió una seguidilla de derrotas imparable (salvo un empate 1-1 contra Etiopía en 1984), hasta que en 1988 logró su primer triunfo ante la desaparecida selección de Yemen del Sur por un claro 4-1.

Tras seis años inactivo volvió en 1994 a los campos de fútbol con la esperanza de mejorar su nivel, pero todo salió al revés: Yibuti ha sufrido incontables derrotas, algunas de ellas increíbles goleadas de escándalo (9-1 contra Kenia y la República Democrática del Congo, 10-1 contra Uganda y 9-0 contra Ruanda), en contraparte con un solo triunfo (1-0 frente a Somalia) y empates de 0-0 frente a Somalia y 1-1 contra Sudán y la República Democrática del Congo.

En la Clasificación para la Copa Africana de Naciones de 2019 en la ronda preliminar ganó 2-0 a Sudán del Sur en casa pero luego perdieron 6-0 en Sudán del Sur.

En la clasificación para la Copa Mundial de 2022, Yibuti venció a Suazilandia 2-1 en casa y empató 0-0 de visitante para avanzar a la segunda ronda por primera vez desde la clasificación del mundial 2010 cuando venció a Somalia 1-0 (2-1 en conjunto).

Esta fue una gran mejora con respecto a la edición anterior cuando Yibuti también jugó contra Suazilandia y perdió 8-1 en el global.