En el siglo XIX el arquitecto José Gutiérrez reemplazó los retablos barrocos de madera dorada por unas parecidas pero ahora neoclásicas.
[5] En 1818 un fuerte terremoto sacudió la ciudad, cuyas secuelas dejaron una nueva tragedia: las torres y la cúpula se habían derrumbado.
[5] Actualmente la iglesia catedral continúa en peligro: ha sido dañada por los sismos de 1932, 1957, 1979, 1985, 1995 y 2003.
A causa de las vibraciones constantes que generan los vehículos circulantes por el túnel bajo avenida Hidalgo, se está dañando la edificación y la torre norte, que colinda justo con esta vialidad.
[10] El templo principal está compuesto por una planta basilical de tres naves.
La nave central tiene bóvedas de tercelete y su presbiterio es rematado por una cúpula.
[5] En la nave central destaca en su fondo el altar mayor de mármol blanco y plata.
[8] Por otra parte, en el coro que se encuentra sobre la puerta principal, se encuentra el gran órgano neogótico realizado por la casa belga Merklin-Schütze en 1893, siendo el segundo más grande de México.
El corazón de un prelado muy conocido, el obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas, fundador del Hospicio Cabañas que lleva su nombre también se ubica en ese cripta.
También se encuentra la obra La Purísima Concepción del pintor español Bartolomé Esteban Murillo.
[10] Componen el conjunto arquitectónico de la Catedral Metropolitana de Guadalajara, además del templo catedral, el palacio arzobispal que se encuentra en la esquina de Morelos y Liceo y la parroquia del Sagrario Metropolitano, templo que se encuentra en la esquina del Paseo Alcalde y Morelos.
La catedral está abierta de lunes a domingo entre las 07:00 y las 19:30 horas.