Los tres ábsides que tenía en origen fueron sustituidos por una cabecera gótica en el siglo XVI.
Tradicionalmente se ha admitido que la fábrica se alzó de un solo tirón en tan solo 23 años (1151-1174), como parece atestiguar un epígrafe situado en el extremo norte del crucero en el que se copiaron otros más antiguos referentes a la breve historia de la catedral y epitafios de los tres primeros obispos.
El que nos interesa dice así: Recientes y meticulosos análisis de la documentación existente han permitido asegurar que las obras, al menos las de cimentación, estaban ya en marcha en 1139, en tiempos del obispo Bernardo y que, a su muerte, ya estaban edificadas la cabecera, nave meridional y portada de este lado pues fue enterrado en el lado sur, correspondiendo la continuación de la construcción a Esteban que la consagró en 1174, aunque este último detalle no supuso la terminación de las obras, ya que las mismas continuaron durante el obispado de su sucesor, Guillermo (1176-1192), que levantaría el transepto y el cuerpo de la iglesia, en tanto que el claustro y la torre estaban en obras en el primer tercio del s. XIII.
Desde el claustro se accede al Museo Catedralicio, que alberga, entre otros, una importante colección de tapices.
El interior del templo posee numerosos símbolos e inscripciones en sus muros que aún hoy siguen descubriéndose, como la que recientemente se ha recuperado de antiguas y desafortunadas intervenciones que hace mención a posesiones de la iglesia en "Orlelos" y "Carvillino" (actuales Roelos y Carbellino).
Con la desamortización 19 fueron a parar a manos del ejecutor de la misma en la zona, Manuel Ruiz-Zorrilla (dos descendientes suyos donaron en 1925 al Obispado las dos que se exhiben en el Museo Catedralicio).
En el inventario realizado en 1897 faltaba otra más, que no se había recuperado tras una exposición.
Este último cuadro fue identificado como procedente de Arcenillas en 2005 gracias a las investigaciones del zamorano Enrique Rodríguez García.
El sustituto del retablo gótico fue un altar barroco del escultor Joaquín Benito Churriguera, de efímera vida, puesto que sufrió daños por el terremoto que el 1 de noviembre de 1755 arrasó Lisboa (cuyos efectos se sintieron también en otras provincias españolas) y a consecuencia de ello fue desmontado en 1758, siendo malvendido al año siguiente, parece ser que para hacer fuego, desapareciendo con ello la que según los datos que se conocen constituyó la obra cumbre de su autor.
En el antiguo coro había sillas con respaldos altos y lienzos pintados.
Están en la parte trasera del espacio para facilitar el movimiento dentro y fuera.
El canto litúrgico, que se hace en el coro, tiene un papel importante en la súplica, la acción de gracias y la alabanza, además, las procesiones que se realizan en las catedrales, se iniciaban o terminaban en el coro, tornando este un espacio fundamental para la liturgia de las Horas.
[6] Durante la Baja Edad Media, el lugar del Obispo, destaca sobre los demás como confirmación de su presencia en la catedral gracias al recurso a la ornamentación.
[8] En la sillería alta, después del Obispo, las dignidades, seguidas por los canónigos y los racioneros.
En la sillería baja, primero los capellanes, los mozos de coro, los sacristanes y otros.
[10] En cuanto a las representaciones no religiosas hay una gran diversidad simbólica.
Los personajes bíblicos y extrabíblicos representados en la secuencia de la sillería baja tienen escritos sus nombres que facilita su identificación.
[22] La Portada del Obispo es la única que se mantiene completa de las tres originales.
Se divide en tres calles que a su vez están divididas en dos pisos, los inferiores contienen sendos arquillos con lo mejor de la escultura románica zamorana, uno, con San Juan y San Pablo y otro con una Virgen Theotokos.
Rematando todo el conjunto se yerguen sobre los estribos y las dos pilastras acanaladas que recorren la fachada tres arcos ligeramente apuntados que conforman el remate del hastial.