En el monasterio se establecieron cátedras de filosofía y teología, a cuyo sostenimiento contribuyó la ciudad de Zamora con una pensión anual y las familias acomodadas con sus donativos.

El complejo contaba además con cinco claustros, una rica Sala capitular, una gran biblioteca, estudios, una escalera imperial y una torre de unos 30 metros de altura.

[1]​ La destrucción a la que se vio sometido el Monasterio tras la exclaustración de los monjes fue prácticamente total.

La Catedral por su parte, además del mencionado Cristo de las Injurias, posee una Virgen con el Niño y San Juan procedente del Monasterio, obra de Bartolomé Ordóñez.

En el futuro se pretende crear un parque arqueológico, excavando la zona y reintegrando a su emplazamiento original los restos arquitectónicos que se encuentran actualmente en otros lugares de la ciudad.