Conocido en la cultura popular como El Palacio Negro de Lecumberri, funcionó como penitenciaría desde 1900 hasta 1976.
El edificio dejó de funcionar como prisión en 1976 y fue cedido al Archivo Nacional del país en 1980.
Las crujías tenían celdas para un solo preso con cama y servicio de sanitario.
En cada crujía existía una celda de castigo con puertas sólidas que tenían una mirilla.
Entre los prisioneros famosos con los que contó el Palacio de Lecumberri destacan: Durante La decena trágica, en 1913, el presidente Francisco I. Madero, así como el vicepresidente José María Pino Suárez, fueron asesinados camino a Lecumberri.
La penitenciaria albergó a ambos sexos hasta 1954, cuando se puso en servicio la cárcel de mujeres.
Después de varios proyectos que no alcanzaron a concretarse, se optó por construir un nuevo edificio para el AGN en el mismo predio, en las oficinas ocupadas anteriormente por el Registro Nacional de Población, que serían demolidas.