Dejar Europa fue, para Mutis, una gran pérdida: era en aquellos años su mundo, mientras que Colombia era sólo un lugar donde pasar vacaciones y del cual siempre se regresaba.

En este prestigioso colegio, su profesor de literatura española fue el notable poeta colombiano Eduardo Carranza.

Las clases de Carranza, dice el poeta, «son para mí una inolvidable y fervorosa iniciación a la poesía».

[9]​ En 1941 contrajo matrimonio con Mireya Durán Solano, con quien tuvo tres hijos: María Cristina, Santiago y Jorge Manuel.

Luego, fue promotor de producción y vendedor de publicidad para televisión, y conoció en el medio intelectual mexicano a los que llegaron a ser sus amigos en ese país: Octavio Paz, Carlos Fuentes, Emilio García Riera, Luis Buñuel, entre otros.

[8]​ Sobre la influencia que tuvo su estancia en prisión en su obras escribirá en 1997:[13]​ En 1966 contrajo matrimonio con Carmen Miracle Feliú.

Apareció en España su novela Ilona llega con la lluvia, también protagonizada por Maqroll el Gaviero, publicada por Mondadori, fue nombrado Comendador de la Orden del Águila Azteca (México), recibió el Premio Xavier Villaurrutia (México) y fue nombrado doctor honoris causa por la Universidad del Valle, Colombia.

[16]​ En 1989, Francia le otorgó el Premio Médicis Étranger por sus novelas La nieve del Almirante e Ilona llega con la lluvia.

Italia le otorgó el premio Nonino al mejor libro extranjero publicado en ese país.

[16]​ Terminó la novela Abdul Bashur, soñador de navíos, que se publicó el año siguiente.

Ese mismo año, Francia le concedió la Orden al Mérito y el Premio Roger Caillois.