La vinculación entre evolución y desarrollo se origina a partir de la Embriología comparada del siglo XIX, con los trabajos de Étienne Geoffroy St.-Hilaire, Johann Friedrich Meckel (Panchen, 2001) y especialmente con los de Karl Ernst von Baer y Ernst Haeckel, cuyas leyes fueron una generalización del modo en que evoluciona el desarrollo, independientemente del taxón en cuestión (Arthur, 2002).
Posterior a este periodo, el estudio e interés por los procesos del desarrollo y su importancia en la evolución permaneció quiescente cerca de un siglo, debido al surgimiento del Neodarwinismo, cuyo principal interés fue la genética de poblaciones.
Así, se plantea una cuestión fundamental para la investigación en el campo de la evo-devo: ¿De dónde procede la novedad si la novedad morfológica que observamos a nivel de los diferentes clados no se refleja siempre en el genoma?
En teoría, mutaciones de enhancers permitirían a partes individuales del cuerpo, ser selectivamente modificados sin cambiar genes o proteínas.
A partir estas evidencias y estudios propios, Sean Carroll, en el 2008, propuso una teoría molecular Epigenética de la Evolución Morfológica.
Los cambios epigenéticos incluyen la modificación del material genético debida a metilación y otras alteraciones químicas reversibles (Jablonka y Lamb 1995) así como la remodelación no programada del organismo por efectos ambientales, debida a la inherente plasticidad fenotípica de los organismos en desarrollo (West-Eberhard 2003).
Los biólogos Stuart A. Newman y Gerd B. Müller[6] han sugerido que los primeros organismos en la historia de la vida multicelular eran más susceptibles a esta segunda categoría de la determinación epigenética que los organismos modernos.
De esta manera, ecología, desarrollo y evolución no sólo se retroalimentan entre sí, sino que son contingentes uno del otro.
Las preocupaciones ecológicas han desempeñado un papel importante en la formación de la embriología experimental y están retornado como una necesidad de conocer cuales son los efectos del cambio ambiental en el desarrollo los organismos tanto en estado adulto como en las larvas.
La adición de la Morfometría geométrica es prometedora para los enfoques utilizados actualmente en la biología del desarrollo, evolutiva y la genética.
Estos métodos son muy sensibles y pueden incluso demostrar aun los cambios más sutiles en la variación morfológica.