Meckel se doctoró en Halle en 1802, realizando su investigación sobre malformaciones cardíacas.
Por otro lado, su visión de la anatomía, como la de Cuvier, es eminentemente funcionalista, subordinando siempre las regularidades morfológicas a consideraciones fisiológicas.
En esta línea, Meckel se opuso radicalmente a las teorías de Étienne Geoffroy Saint-Hilaire.
Meckel fue muy reputado en su época por sus trabajos descriptivos en embriología y anatomía comparada.
Sus trabajos fueron desarrollados por Serres, que a su vez continuó la línea de investigación iniciada por su maestro Geoffroy Saint-Hilaire.