El desarrollo de un embrión se inicia con la fertilización, que origina la formación del cigoto.
Esta rama de la embriología se relaciona con los diversos factores genéticos o ambientales que alteran el desarrollo normal y producen los defectos congénitos.
Sin embargo, todos estos trabajos estaban limitados por el hecho de que las descripciones correspondían siempre a etapas tardías del desarrollo, lo que no permitía dilucidar el clásico debate entre preformacionistas y epigenetistas.
A lo largo de la segunda mitad del siglo XVIII, varios autores dieron un nuevo impulso a la embriología: Victor Albrecht von Haller, Lazzaro Spallanzani y Caspar Friedrich Wolff.
Christian Pander, Karl Ernst von Baer y Martin Heinrich Rathke son considerados los tres grandes fundadores de la embriología moderna.