La morfometría se puede utilizar para cuantificar un carácter de significancia evolutiva, y para detectar los cambios en la forma, deducir algo sobre la ontogenia de los organismos, función o relaciones evolutivas.
Sin embargo, la morfometría geométrica no resuelve todos los problemas a los que se enfrentan los métodos tradicionales.
Por ejemplo, la disposición de marcas no provee información respecto a las estructuras curvas en los organismos.
La solución a este problema requiere del análisis de puntos en la curva que no son marcas.
La morfometría geométrica puede tener una limitación que no poseen los métodos tradicionales: la restricción a datos de dos dimensiones.
Sin embargo, la teoría matemática desarrollada en morfometría geométrica no posee ningún obstáculo para analizar formas en tres dimensiones.
No podemos comprender plenamente el uno sin la comprensión del otro y también cómo se relacionan entre sí.
El hecho de medir forma y tamaño separadamente no significa que se pierda alguna información sobre las relaciones entre ellas.
La morfometría clásica produce imágenes o descripciones detalladas en donde las analogías figuran prominentemente (formas parecidas a círculos, elipses, triángulos, etcétera).
Como resultado, la morfometría ha sido vista cercana a la estadística o al álgebra más que a la morfología, y en cierto sentido esa percepción es correcta: la morfometría es una rama del análisis matemático de la forma.
Tradicionalmente los datos morfométricos han incluido medidas de longitud, profundidad y amplitud.
Varias de las mediciones parten desde un único punto en un organismo, por lo que sus valores no pueden ser completamente independientes.
Cuando todas las limitaciones de la morfometría tradicional son consideradas, es evidente que podrían existir numerosas mediciones, pero poca información sobre la forma (Atchley y Anderson, 1978; Hills, 1978; Dodson, 1978).
Sin embargo, la morfometría geométrica no resuelve todos los problemas a los que se enfrentan los métodos tradicionales.
Por ejemplo, la disposición de marcas no provee información respecto a las estructuras curvas en los organismos.
La solución a este problema requiere del análisis de puntos en la curva que no son marcas.
La morfometría geométrica puede tener una limitación que no poseen los métodos tradicionales: la restricción a datos de dos dimensiones.
Sin embargo, la teoría matemática desarrollada en morfometría geométrica no posee ningún obstáculo para analizar formas en tres dimensiones.
Que puedan encontrarse fácilmente, repetidas veces, y de forma confiable.
Para elegir las marcas es necesario entender el papel de la homología tanto matemática como biológica del organismo que estemos analizando.
Los métodos morfométricos no pueden ser aplicados adecuadamente cuando las formas son demasiado diferentes.
Por ejemplo, si los huesos son radicalmente alterados en su topología que los puntos en un organismo se han desplazado de una forma completamente diferente respecto a los otros.
También, en algunos casos las marcas pueden desaparecer por completo, por ejemplo algunos puntos tienden a desaparecer en el desarrollo, un ejemplo es la pérdida de la cola en la metamorfosis de los anfibios o la presencia en un taxón y la pérdida en otro.
Otro criterio para seleccionar las marcas es que estas se puedan encontrar fidedignamente.
Si estas son difíciles de localizar incluso en el mismo espécimen medido varias veces, pueden inducir a mediciones erróneas.
Posterior a este paso, se calcula una forma media de la forma, promediando las posiciones de las marcas y el re-escalamiento para asegurar que el tamaño centroide del promedio sea exactamente 1.0.
Un nuevo promedio es entonces calculado, y el procedimiento es repetido hasta que la media ya no cambia.
Entre las aplicaciones en las que es empleada la morfometría geométrica se encuentran: Los estudios de morfometría geométrica requieren de programas especializados, no para analizar los datos sino, para representar los resultados gráficamente.
Los paquetes para realizar morfometría se ejecutan bajo distintas plataformas (Microsoft, Mac, Linux).
En estas páginas se encuentran distintos recursos valiosos, incluyendo información sobre reuniones, cursos, y un directorio de personas interesadadas en morfometría: La aplicación de la morfometría no se limita a usos biológicos.