Su carrera científica se dedicó principalmente a problemas de morfogénesis durante la evolución (filogenia) y el desarrollo (ontogenia), especialmente en la fase embrionaria.
En 1976 se graduó en Biología y Ciencias Ambientales en la Universidad de Kansas.
Fue miembro del equipo editorial de revistas como Trends in Ecology and Evolution (desde 1993), Biodiversity Letters (desde 1992), Journal of Theoretical Biology (desde 1985) y Journal of Evolutionary Biology (1986-1991).
Heredero de una tradición intelectual que hunde sus raíces en la morfología idealista del siglo XIX, Pere Alberch reconoce en Stephen Jay Gould y Conrad Hal Waddington a sus maestros más inmediatos.
Ambos rescataron la concepción del cambio filogenético como un “desarrollo” con leyes análogas al ontogenético: en The Strategy of the Genes (1957), Waddington acuñaba el término “creodo” para estipular la existencia hipotética de vías canalizadas marcadas por el desarrollo embrionario; en Ontogeny and Phylogeny (1977), S.J.
Desde esta perspectiva, el azar pierde el absolutismo que le había sido otorgado: no todo es posible y, dentro de lo posible, no todas las transiciones son igualmente probables.
Así, y sin necesidad de la tautológica recurrencia a la imperfección del registro fósil, el carácter catastrófico del desarrollo embrionario explica las discontinuidades observadas en paleontología.