Durante toda la gesta emancipadora hubo guerrillas patriotas en Abancay y Andahuaylas.Por el mismo decreto reconoció como provincia a Andahuaylas, conservándola en el departamento de Ayacucho.Luego de que los hispanos prosiguieran su marcha rumbo al Cusco, el Libertador Simón Bolívar recorrió la región apurimeña y fue nombrando de pueblo en pueblo las primeras autoridades republicanas.El general Miguel de San Román hizo plaza en Cotabambas para organizar la resistencia, pero las numerosas fuerzas movilizadas en dirección a Puno y Moquegua por los generales Domingo Nieto y Mendiburu disuadieron a los bolivianos, quienes dieron inicio a tratativas de paz.Vivanco se dirigió a Chincheros para cerrar el acceso a través del río Pampas, pero Castilla logró evadirlo por la ruta de Andahuaylas y se dirigió hacia el sur.El 22 de julio ambos ejércitos libraron batalla en Carmen Alto (Arequipa), imponiéndose Castilla, quien instituyó un gobierno provisorio y luego un gobierno constitucional (1845-1851).El 8 de junio formó su estado mayor insurgente en Andahuaylas y el 23, inició una nueva campaña guerrera en dirección a Ayacucho.