Tras ella vendrían cinco hijos más, entre los que estaría el futuro rey de Dinamarca, Cristián IV.La reina había sido criada como luterana, pero puede haberse convertido silenciosamente al catolicismo en algún momento, un escenario político embarazoso que alarmó a los ministros de la iglesia protestante escocesa y levantó sospechas en la Inglaterra anglicana.Ana parece haber amado a Jacobo al principio, pero la pareja gradualmente se fue distanciando.Al final vivieron aparte aunque sobrevivió un respeto mutuo y cierto grado de afecto.Aunque Ana y Jacobo estuvieron muy unidos al inicio de su matrimonio, gradualmente se fueron distanciando.[4] Su marido decidió, para no romper la tradición, que su hijo sería criado por su antigua nodriza, Helen Little.Más tarde el pequeño fue trasladado al Castillo de Stirling, donde quedó bajo la custodia del conde John Erskine.Cuando Jacobo le pidió que fuera con él a Inglaterra para ser coronada reina de los ingleses, ella se negó a menos que le dejara ir al lado de su hijo.[6] Ana se instaló en Londres mientras Jacobo volvía a su mansión de Royston.Allí empezó una vida disipada, organizando fiestas y convirtiéndose en una importante mecenas de las artes.En Escocia, Ana exploró las divisiones en la corte para su beneficio, particularmente apoyando a los enemigos del conde de Gondomar.Henry Howard, un hombre activo en la diplomacia más secreta relacionada con la sucesión inglesa, a menudo le recordaba a Jacobo que, aunque Ana tenía todas las virtudes, Eva había sido corrompida por la serpiente.Carlos era un abogado acérrimo del derecho divino de los reyes a gobernar.Esta fue una de las muchas manifestaciones del descontento popular contra una monarquía absoluta que pretendió llevar.
