Después de que Enrique muriera en 1477, Magnus gobernó el ducado junto con Alberto.

Después de que Alberto muriese en 1483, Magnus gobernó en solitario, como su hermano más joven, Baltasar no se preocupó en absoluto sobre el gobierno.

Magnus reinó hasta su muerte en 1503, cuando fue sucedido por sus hijos Enrique V, Erico II y Alberto VII, quien al principio gobernó conjuntamente hasta que ellos dividieron sus tierras en los ducados de Mecklemburgo-Schwerin y Mecklemburgo-Güstrow en 1520.

La deuda del ducado se incrementó excesivamente debido a la lujosa vida cortesana de Enrique IV.

Su vida fue salvada por un guardaespaldas quien se arrojó a sí mismo sobre Magnus dentro del lío.

Aparte de estas luchas en su propio país, Magnus también tuvo disputas con príncipes vecinos y con sus vasallos, como era habitual en aquella época, por ejemplo sobre herencias, feudos y disputas fronterizas.