Skanderborg creció gracias al castillo, y en 1583 recibió privilegios de ciudad comercial (købstad), pero su economía era realmente pequeña, dependiente de la artesanía y un insignificante comercio.

Tras las guerras contra Suecia, el castillo cayó en desgracia y arrastró a la pequeña localidad.

Para principios del siglo XIX, aunque conservaba su privilegio de ciudad comercial, Skanderborg parecía más una localidad rural.

Sus industria más significativas producían maquinaría y material de hierro.

Mientras que la industria pasa desde entonces por una franca regresión, el comercio se ha incrementado significativamente.