Sus padres fueron el gobernador Martín García de Loyola y la princesa inca Beatriz Clara Coya.
Establecidas en Lima, se proyectó enviarlas a España, pero pronto la salud de Beatriz se quebrantó y finalmente falleció en 1600, no sin antes redactar su testamento enteramente a beneficio de su hija.
Sin embargo, dicha concesión no empezó como una iniciativa propia de la corona española, sino que se dio producto del esfuerzo entre muchos personajes influyentes (españoles, mestizos e indígenas) por varios años, y del que la Casa de Borgia lograría encauzar a su favor, buscando aumentar su área de influencia hacia las América.
Sin embargo, los Borja por otro lado si eran una familia muy influyente en la Monarquía Hispánica durante esos años, y en el momento que Juan Enríquez de Borja se casó con Ana María, los Borja hicieron propia la causa inca y empezaron a mover sus influencias y a diseñar todo un discurso histórico (ya que estudiaron minuciosamente la historia de los Incas) que persuadiese al nuevo monarca, Felipe III, quien se presentaba más accesible y dispuesto (a diferencia de su padre), influenciado en gran medida por su ya conocida devoción católica.
Así fue como Felipe III quedó convencido de un deber para retribuir a Ana María por los daños sufridos por su familia durante el siglo XVI y buscó varias opciones, hasta decidir por el Marquesado de Oropesa.