Ya en el Cusco, el virrey Toledo autorizó la ocupación por los jesuitas del Amarucancha que pertenecía entonces a los herederos de Hernando Pizarro.Esta primera iglesia tenía fachada de estilo plateresco y el retablo principal fue iniciado por Bernardo Bitti.La iglesia fue considerada como una de las bellas e imponentes del Perú y llegó a ser la mayor que tenía la Compañía en el virreinato.Esta iglesia sufrió grandes daños en el terremoto de 1650 y tuvo que ser demolida totalmente[4].El nuevo proyecto contemplaba una iglesia mayor a la demolida con dos capillas laterales, tres puertas sobre la plaza y una campana de 100 quintales.La construcción duró 17 años y contó con la campana de 100 quintales que, no obstante, fue retirada en 1694 al rajarse[5].El terremoto de 1950 ocasionó daños parciales al edificio principalmente en la fachada y el coro.Sin embargo, los daños principales los sufrió la cúpula que se abrió sin derrumbarse por completo[7].La iglesia es totalmente de piedra, el material es basalto rosado y andesita.El tercio medio presenta una ventana central sobre la cornisa inferior que le da forma de balcón sin baranda.Sobre la puerta se extiende una superficie rectangular con dos adornos laterales más uno central a manera de repisa.A cada lado hay dos columnas corintias juntas, con pedestal y falso entablamento, los fustes con anillos.Hacia fuera de la ventana, va una última columna casi junto a la torre.[10].
