Se edificó durante la segunda mitad del siglo XII.
[2] La iglesia aparece documentada por primera vez en el Fuero de Madrid que fue redactado en el año 1202.
José I Bonaparte mandó derribar los caseríos y edificios que se encontraban cerca del Palacio Real para dar mayor prestancia a la fachada del edificio; en esta «limpieza» se encontraba la iglesia de San Juan Bautista, que se derribó entre 1810 y 1811.
Esta iglesia se estaba edificando por estas fechas debido a un vendaval que la había destruido anteriormente; los trabajos se encargaron al arquitecto Juan Antonio Cuervo.
La iglesia estaba construida con tres naves dispuestas en una planta basilical con un ábside semicircular de estilo Románico.