Por esto se emplea a menudo como primer fármaco en infecciones de diferente gravedad, tanto en medicina humana como también en veterinaria.
Se utiliza por vía oral o parenteral, aunque la forma parenteral (intramuscular o intravenosa) no está aprobada en todos los países debido a su comprobado daño al sistema auditivo y renal, causando en algunos casos sordera.
Sin embargo, hay preparados comerciales con la adición de ácido clavulánico o sulbactam, que aumentan su estabilidad y amplían su espectro en estos casos.
Al impedir que la pared celular se construya correctamente, la amoxicilina ocasiona, en último término, la muerte del microorganismo.
Especialmente todas las cepas de Pseudomonas spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., indol-positivos Proteus spp., Serratia marcescens, y Citrobacter spp.
La amoxicilina se excreta en la leche materna en pequeñas cantidades y puede producir sarpullido, diarrea o superinfecciones en los lactantes.
La amoxicilina se debe usar con precaución en pacientes con leucemia linfática que son más susceptibles a los rash.
Por regla general, esta interacción no ocasiona problemas clínicos excepto en pacientes con insuficiencia renal.
En muchas ocasiones, los antibióticos aminoglucósidos de muestran sinérgicos con la amoxicilina frente a enterococos y estreptococos del grupo B.
Sin embargo, por existir una incompatibilidad química, ambos antibióticos no se deben mezclar ni administrar al mismo tiempo.
No se ha comprobado que la levadura probiótica Saccharomyces boulardii reduzca la frecuencia de la diarrea en pacientes tratados con amoxicilina.
En alguna rara ocasión se ha observado nefritis intersticial con necrosis tubular renal y síndrome nefrótico.
Los efectos secundarios más comunes asociados al tracto digestivo son similares a los de otros antibióticos y se deben a la reducción de la microbiota intestinal: En algún caso puede producirse colitis pseudomembranosa durante el tratamiento o después, si bien este efecto suele ser bastante raro.
Los efectos adversos sobre el sistema nervioso central incluyen cefaleas, agitación, insomnio, y confusión, aunque no son muy frecuentes.
Los efectos hematológicos son poco frecuentes y suelen ir asociados a reacciones de hipersensibilidad.