Las células de los amebozoos pueden estar desnudas o cubiertas por una testa y a veces presentan flagelos.
Sin embargo, las arqueamebas son amitocondriales pues al adaptarse a condiciones anóxicas o microaerofílicas han perdido sus mitocondrias.
[7][4] Amoebozoa se divide en dos subfilos con apoyo de filogenias moleculares: Conosa y Lobosa.
Lobosa incluye tres clases Cutosea + Discosea + Tubulinea, mientras que Conosa comprende Variosea + Archamoebea + Mycetozoa.
Cutosea es un grupo muy pequeño que comprende amebas marinas primitivas caracterizadas por presentar una capa delgada y ligeramente flexible sobre la membrana plasmática.
Esta capa presenta uno o numerosos orificios a través de los cuales salen los seudopódos y les permiten la locomoción, que es muy lenta.
Discosea o Flabellinea comprende aquellas amebas que durante la locomoción se aplanan tomando la forma de disco y exhiben un flujo citoplasmático poliaxial, esto es, sin un eje central definido.
Variosea es un grupo poco conocido, morfológicamente diverso y establecido sobre la base de análisis moleculares, que incluye tanto amebas aplanadas con subseudópodos como formas con reticulopodios y la mayoría de los mohos mucilaginosos clasificados en la polifilética Protostelea.
Destacan los géneros Entamoeba y Endolimax que son comensales o parásitos internos de animales.
Esta etapa es conocida como moho mucilaginoso, que puede llegar a medir varios centímetros y se desplaza deslizándose por el suelo.
Por último, bajo condiciones desfavorables, el moho se transforma en una estructura compacta llamada cuerpo fructífero que contiene esporas.
El siguiente árbol filogenético muestras las relaciones entre los grupos de Amoebozoa de acuerdo con Cavalier-Smith:[3] Cutosea Discosea Tubulinea Variosea Archamoebea Mycetozoa Antiguamente todas las amebas con lobopodios se agrupaban en Lobosea y junto a otros ameboides constituían el filo Sarcodina o Rhizopoda, ahora obsoleto.
En cuanto a la relación con otros grupos de protistas, fuertes similitudes entre Amoebozoa, Apusozoa y Opisthokonta apoyan su agrupación en un clado denominado Amorphea.