[2][3] B. mandrillaris puede infectar el cuerpo a través de heridas abiertas o por inhalación.
Esto está algo respaldado por la detección de anticuerpos contra el protista en individuos sanos.
Una vez en el cerebro, Balamuthia provoca una enfermedad conocida como encefalitis granulomatosa amebiana (GAE), que suele ser mortal.
Balamuthia también es conocido por causar una variedad de síntomas no neurológicos, y con frecuencia produce lesiones en la piel, a través de la cual la ameba puede entrar en el torrente sanguíneo y migrar hacia el cerebro.
Muchos pacientes que sufren este síndrome en particular informan de una lesión en la piel (a veces similares a las causadas por Staphylococcus aureus u otras bacterias), que no responden bien al tratamiento dermatológico.
La lesión suele ser localizada, y sanar muy lentamente, o no se cura por completo.
La encenfalitis por Balamuthia es una enfermedad sumamente mortal, y a partir de 2008, sólo siete recuperaciones se había informado, todos con daño cerebral duradero.
Cuando le hicieron una biopsia en enero de 2008, se encontraron con que su cerebro había sido invadido por Balamuthia mandrillaris.
La mujer murió en febrero de 2010 y el hombre sobrevivió con una parálisis parcial del brazo derecho.