Para su diagnóstico en materia fecal se reconocen las formas vacuolar, avacuolar, granular y quística.

[7]​ Los opalinados se colocan dentro del superfilo Heterokonta, en donde se encuentran entre otros las algas pardas, las diatomeas, Phytophthora (organismo causante de la gran hambruna irlandesa y de la muerte súbita del roble) o los pseudohongos que producen el mildiu.

El tamaño varía entre 5 y 40 μm (micrómetros) de diámetro, con una masa central granular, rodeada por refringencia con uno o dos núcleos.

Se describen comúnmente cuatro formas: vacuolar (también denominada de cuerpo central), granular, ameboide y quística.

La forma quística fue notada con mayor frecuencia en materia fecal almacenada, que en heces frescas sugiriendo que esta forma podría desarrollarse en respuesta a la salida del hospedero, o factores ambientales externos De acuerdo con algunas investigaciones el Blastocystis se transmite entre animales y humanos por la ingestión de quistes, presentes en aguas o alimentos contaminados con materia fecal procedente de un portador.

El parásito puede proliferar en el organismo humano por años sin causar síntomas, pero debido a que segrega proteasas, puede provocar como reacción, la producción de anticuerpos y el consecuente desencadenamiento de diarreas, náuseas, anorexia y espasmos abdominales.