La 6.ª Flotilla de Submarinos ( en alemán: 6. Unterseebootsflottille ), también conocida como Flotilla Hundius , fue una unidad de primera línea de la Kriegsmarine de la Alemania nazi antes y durante la Segunda Guerra Mundial .
Fundada el 1 de octubre de 1938 en Kiel bajo el mando del capitán de corbeta Werner Hartmann , recibió el nombre en honor del teniente de navío Paul Hundius, comandante de submarinos durante la Primera Guerra Mundial , que murió el 16 de septiembre de 1918 después de que su submarino SM UB-103 fuera hundido por cargas de profundidad del vapor británico Young Crow . La flotilla se disolvió en diciembre de 1939.
La flotilla fue reorganizada como "6.ª Flotilla de Submarinos" en julio de 1941 bajo el mando del capitán de corbeta Georg-Wilhelm Schulz con base en Danzig . Durante los primeros meses fue una flotilla de entrenamiento, pero cuando se trasladó a St. Nazaire en febrero de 1942 se convirtió en una flotilla de combate. Se disolvió en agosto de 1944, cuando los últimos submarinos abandonaron la base con destino a Noruega .
En algún momento de su historia de servicio, cada uno de los siguientes barcos sirvió en la 6.a flotilla.