Su mandato fue breve ya que en octubre de 1877 fue detenido por las fuerzas españolas y enviado a cumplir prisión en Cádiz.
Colaboró con la causa revolucionaria en el exilio en Estados Unidos, donde gozaba de gran prestigio por su labor como intelectual y educador.
Muerto José Martí en Dos Ríos, el gobierno de la República en Armas, constituido en 1895 en Jimaguayú, lo designó delegado del Partido Revolucionario Cubano y Agente del Gobierno de la República en Armas en el Exterior.
Una vez alcanzada la independencia de España, pero bajo la tutoría de Estados Unidos, Estrada Palma aceptó reticentemente a ser candidato presidencial, recibiendo el apoyo de Máximo Gómez, exjefe del Ejército Libertador y teniendo como opositor al general Bartolomé Masó (1830-1907), a quien como gesto conciliatorio y buscando mayor unidad, Estrada Palma le había propuesto la nominación a la vicepresidencia del país.
Pero Masó no la aceptó, y prefirió enfrentársele como opositor, para luego a última hora retirarse de las elecciones alegando fraude electoral premeditado.
Pidió un préstamo a una entidad financiera estadounidense para pagar los adeudos que se tenían con los miembros del Ejército Libertador.
T. Estrada Palma[4]Al finalizar su mandato, se trasladó hacia la Finca La Punta, propiedad de su familia, ubicada en la zona Oriental.